Về cấu trúc từ vựng, ngữ hệ Nam Á nổi bật với cấu trúc "âm tiết rưỡi", trong đó một từ có thể bao gồm một tiền âm tiết không nhấn, theo sau bằng một âm tiết hoàn chỉnh được nhấn.[7] Về mặt tạo từ, hầu hết ngôn ngữ Nam Á có một số tiền tố phái sinh, nhiều tiếng có trung tố, song hậu tố hầu như vắng mặt trong mọi nhánh trừ Munda (và một ít trường hợp khác).[8] Ngôn ngữ Nam Á cũng thường có hệ thống nguyên âm lớn, thường hay phân biệt giữa nguyên âm thường và nguyên âm hà hơi (lơi) hoặc giữa âm thường và âm khít thanh quản (căng).[9] Tuy nhiên, một số ngôn ngữ Nam Á đã mất đi những đặc điểm trên qua việc phát sinh thêm nguyên âm đôi, hay, như trường hợp tiếng Việt, thanh điệu hóa. Tiếng Việt đã bị tiếng Trung Quốc ảnh hưởng nặng đến nỗi những đặc điểm Nam Á bị lu mờ, trong khi tiếng Khmer, dù ảnh hưởng bởi tiếng Phạn và Pali, vẫn duy trì đặc điểm ngôn ngữ Nam Á điển hình.